Personalis pubblica nuovi dati che dimostrano l’elevata sensibilità del suo algoritmo per il rilevamento della perdita di eterozigosi nel gene HLA
13 4월 2022 - 3:10AM
Business Wire
Lo strumento ha
identificato un biomarcatore che sta acquisendo un’importanza
sempre maggiore nell’immunoterapia
Personalis, Inc. (Nasdaq: PSNL), leader nel campo della genomica
avanzata per l’oncologia di precisione, ha annunciato oggi la
pubblicazione nella rivista Nature Communications del suo studio
intitolato “Un algoritmo basato sull’apprendimento automatico con
sensibilità subclonale rivela una perdita diffusa dell’eterozigosi
nell’antigene leucocitario umano pan-tumorale”.
La perdita di eterozigosi nell’antigene leucocitario umano
(human leukocyte antigen loss of heterozygosity, HLA LOH) consente
alle cellule tumorali di eludere il riconoscimento da parte del
sistema immunitario attraverso la delezione degli alleli HLA, con
conseguente presentazione soppressa dei neoantigeni tumorali.
Nonostante la rilevanza di ciò rispetto alla risposta
all’immunoterapia, esistono pochi metodi per rilevare l’HLA LOH, la
cui accuratezza peraltro non è ben chiara. Inoltre, il rilevamento
accurato dell’HLA LOH dai dati di sequenziamento merita attenzione
data la crescente ubiquità della caratterizzazione molecolare dei
tumori.
Lo studio di Personalis descrive in dettaglio lo sviluppo di
DASH (Deletion of Allele-Specific HLAs, Delezione di HLA specifici
per allele), un nuovo algoritmo basato sull’apprendimento
automatico per rilevare l’HLA LOH dai dati accoppiati di
sequenziamento delle cellule cancerose/normali. Attraverso la
convalida con colture miste di linee cellulari e la reazione a
catena della polimerasi (polymerase chain reaction, PCR) digitale
specifica per paziente, lo studio dimostra una maggiore sensibilità
di rilevamento dell’HLA LOH da parte di DASH rispetto agli
strumenti descritti in pubblicazioni precedenti aprendo la strada
all’utilità clinica. Nello studio, in cui DASH è stato utilizzato
in 610 pazienti affetti da 15 diversi tipi di tumore, si è
osservato che un’elevata percentuale di pazienti è interessata da
HLA LOH, compresi pazienti affetti da adenocarcinoma polmonare non
a piccole cellule (NSCLC-A) (24 percento), tumore della cervice
uterina (38 percento) e carcinomi a cellule squamose della testa e
del collo (HNSCC) (40 percento). Inoltre, lo studio ha rilevato
tassi di HLA LOH superiori rispetto al LOH a livello dell’intero
genoma e correlazioni tra l’espressione di CD274 (PD-L1) e lo stato
di instabilità dei microsatelliti, il che sembra indicare che l’HLA
LOH costituisce una strategia chiave per la valutazione della
resistenza immunitaria.
“Il rilevamento accurato dell’HLA LOH riveste un’importanza
fondamentale per il suo utilizzo quale biomarcatore per
l’immunoterapia oncologica. Lo studio in oggetto dimostra che DASH
è in grado di rilevare con una sensibilità elevata eventi
subclonali in campioni con una purezza tumorale ridotta,
consentendo una caratterizzazione completa di HLA LOH diffusa in
diversi tipi di tumore” ha spiegato il dottor Richard Chen,
direttore medico e vicepresidente senior del reparto Ricerca e
Sviluppo presso Personalis. “Integrati con la piattaforma NeXT di
Personalis, questi eventi relativi all’HLA LOH identificati tramite
DASH rappresentano un input essenziale per il nostro biomarcatore
composito multi-omico NEOPS™ per predire con maggior precisione la
risposta all’immunoterapia”.
Informazioni su Personalis
Personalis, Inc. è un leader nel settore della genomica avanzata
dei tumori finalizzata allo sviluppo della prossima generazione di
strumenti diagnostici e terapie oncologiche di precisione. La
piattaforma Personalis NeXT Platform® è stata sviluppata per
adeguarsi alle nozioni complesse e in continua evoluzione sui
tumori fornendo alle imprese biofarmaceutiche sue clienti e ai
medici informazioni su tutti gli all’incirca 20.000 geni umani,
insieme al relativo sistema immunitario, derivate da un singolo
campione tissutale. Per creare i presupposti per il sequenziamento
dei tumori, il Laboratorio clinico di Personalis è stato fondato
sui principi di accuratezza clinica, qualità, big data, portata
estesa ed efficienza. Il laboratorio è conforme alle norme e alle
linee guida di buona prassi sanitaria GxP, è certificato in base
agli emendamenti di miglioramento dei laboratori clinici (Clinical
Laboratory Improvement Amendments) del 1988 ed è accreditato dal
College of American Pathologists. Per saperne di più visitate il
sito web di Personalis e seguite Personalis su LinkedIn e
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